nuget
参考依赖比对器。
Aligner
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Alignment.Aligner
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| BuildIndex | 1 | 构建全部复制子的 FM 索引（延迟调用、构建后缓存）。 |
| AlignReads | 1 | 单端比对。 |
| AlignSingle | 1 | 对单条读段执行"精确匹配 → 种子-延伸"。 |
| alignOneStrand | 1 | 在指定方向（正向/反向互补）上比对一条读段。 |
| runSeedExtend | 1 | 种子-延伸：取最小种子，定位候选位点，并在候选窗口内做质量感知 DP。 |
| AlignPaired | 1 | 双端比对：按 pairedEndOrientation 判定两 mate 的方向关系，间距不超过 maxPairedEndLength。 |
| orientationOk | 1 | 依据 pairedEndOrientation（ff/fr/rf/rr）判定 mate 方向。 f = forward，r = reverse_complement；默认 fr（相对参考链，mate1 正向、mate2 反向）。 |
| BuildCoverages | 1 | 由命中构建逐碱基覆盖度（每个复制子一个 AlignmentCoverage，数组为 1-indexed）。 |
| reverseComplement | 1 | 反向互补（非 ACGT 字符置为 N）。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MaxSeedCandidates | 1 | 用于评估候选种子位点的上限，避免重复序列导致组合爆炸。 |
| PercentMismatches | 1 | |
| PercentSeedLength | 1 | |
| StopAfterOneHit | 1 | |
| Unstranded | 1 | |
| NumThreads | 1 | |
| MaxPairedEndLength | 1 | |
| SingleEndReverseComplement | 1 | |
| PairedEndOrientation | 1 | |
| NumSequences | 1 |
04 Members
BuildIndex
构建全部复制子的 FM 索引（延迟调用、构建后缓存）。
AlignReads(
IEnumerable(Of Read))单端比对。
AlignSingle(Read)
对单条读段执行"精确匹配 → 种子-延伸"。
在指定方向（正向/反向互补）上比对一条读段。
种子-延伸：取最小种子，定位候选位点，并在候选窗口内做质量感知 DP。
AlignPaired(
IEnumerable(Of Read), IEnumerable(Of Read))双端比对：按 pairedEndOrientation 判定两 mate 的方向关系，间距不超过 maxPairedEndLength。
orientationOk(AlignmentHit, AlignmentHit)
依据 pairedEndOrientation（ff/fr/rf/rr）判定 mate 方向。 f = forward，r = reverse_complement；默认 fr（相对参考链，mate1 正向、mate2 反向）。
BuildCoverages(
IEnumerable(Of AlignmentHit), Boolean, String)由命中构建逐碱基覆盖度（每个复制子一个 AlignmentCoverage，数组为 1-indexed）。
reverseComplement(
String)反向互补（非 ACGT 字符置为 N）。
MaxSeedCandidates
用于评估候选种子位点的上限，避免重复序列导致组合爆炸。
PercentMismatches
PercentSeedLength
StopAfterOneHit
Unstranded
NumThreads
MaxPairedEndLength
SingleEndReverseComplement
PairedEndOrientation
NumSequences