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质量感知的动态规划比对。
SeedExtend
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Alignment.SeedExtend
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Align | 1 | 将读段比对到参考序列的指定窗口，返回最优半全局比对。 |
| qualityPenalty | 1 | 质量感知的错配惩罚：质量越高惩罚越接近 2.0，质量越低越接近 0.2。 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MATCH_SCORE | 2 | 匹配加分。 |
| GAP_PENALTY | 2 | 缺口罚分。 |
| DEFAULT_QUALITY | 2 | 缺省质量值（读段缺少质量信息时使用）。 |
04 Members
Align(
String, Int32(), String, Int32, Int32)将读段比对到参考序列的指定窗口，返回最优半全局比对。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
read | String | 读段序列（正向）。 |
scores | Int32() | Phred 分值（可为 Nothing）。 |
reference | String | 参考序列（1-indexed 使用的普通字符串，含索引 0 的占位字符）。 |
windowStart | Int32 | 窗口 1-based 起始坐标。 |
windowEnd | Int32 | 窗口 1-based 终止坐标（含）。 |
qualityPenalty(
Int32)质量感知的错配惩罚：质量越高惩罚越接近 2.0，质量越低越接近 0.2。
MATCH_SCORE
匹配加分。
GAP_PENALTY
缺口罚分。
DEFAULT_QUALITY
缺省质量值（读段缺少质量信息时使用）。
MATCH_SCORE
GAP_PENALTY
DEFAULT_QUALITY