后缀数组(Suffix Array)构建器。
SuffixArray
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Alignment.SuffixArray
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Build | 1 | 构建字符串 s 的后缀数组:返回按字典序升序排列的后缀起始下标数组。 |
03 Members
Build(
String)构建字符串 s 的后缀数组:返回按字典序升序排列的后缀起始下标数组。
Remarks
使用前缀倍增 + 计数排序(radix sort),每一轮将 rank 相同的后缀按 2^k 长度细分, 直到所有 rank 互不相同。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
s | String | 输入字符串(建议先规范化为 A/C/G/T 等单字节字符)。 |