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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET / DeepLIFTResult

DeepLIFTResult

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.DeepLIFTResult Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET Members 9

DeepLIFT 归因结果

00 Remarks

归因分数 C 是有符号的:正数表示该节点把样本推向"转移性 / 耐药", 负数表示推向"原发性"。

节点本身的有符号激活 a ∈ [-1, 1] 与跨样本聚合之后的重要性 C_i,l = Σ_s |C_i,l^s| 是解耦的:前者回答"它把样本往哪个方向推", 后者回答"它有多重要"。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.DeepLIFTResult

02 Methods

NameOverloadsSummary
ConservationError 1 校验 DeepLIFT 的可加性守恒性质

03 Properties

NameOverloadsSummary
Model 1 被解释的模型
Labels 1 样本标签数组,可能为 Nothing
LayerContributions 1 逐层逐样本的节点贡献分数,索引顺序为 [层][样本][节点]
LayerActivations 1 逐层逐样本的有符号激活值,索引顺序为 [层][样本][节点]
InputContributions 1 输入特征上的贡献分数,索引顺序为 [样本][特征]
DeltaOutput 1 每一个样本上模型输出相对于参考态的变化量 Δt = p - p0
SampleCount 1 样本数量
LayerCount 1 网络层数

04 Members

method ConservationError #
ConservationError

校验 DeepLIFT 的可加性守恒性质

Remarks

DeepLIFT 保证目标输出的总差分恰好等于某一层所有节点贡献分数之和 (在 P-NET 的多预测头结构中,这一层指的是最精细的基因层以及其下的输入层)。 这是"逐层读出基因 / 通路重要性"在数学上能够成立的前提。

Returns

输入层归因分数之和与 Δt 之间的平均绝对误差; 该值应当非常接近 0,说明分数在逐层反传的过程中没有泄漏

property Model #
Model

被解释的模型

Returns

P-NET 模型

property Labels #
Labels

样本标签数组,可能为 Nothing

Returns

标签数组

property LayerContributions #
LayerContributions

逐层逐样本的节点贡献分数,索引顺序为 [层][样本][节点]

Returns

三维锯齿数组

property LayerActivations #
LayerActivations

逐层逐样本的有符号激活值,索引顺序为 [层][样本][节点]

Returns

三维锯齿数组

property InputContributions #
InputContributions

输入特征上的贡献分数,索引顺序为 [样本][特征]

Remarks

这里的归因结果可以直接用于论文图 3 的 Sankey 图: 即揭示"改变类型 → 基因"的对应关系(例如 AR 主要由扩增驱动、 TP53 主要由突变驱动、PTEN 主要由缺失驱动)。

Returns

二维锯齿数组

property DeltaOutput #
DeltaOutput

每一个样本上模型输出相对于参考态的变化量 Δt = p - p0

Returns

差分数组

property SampleCount #
SampleCount

样本数量

Returns

样本数

property LayerCount #
LayerCount

网络层数

Returns

隐藏层数量