HierarchyLevel

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.HierarchyLevel Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET Members 9

单层生物学实体定义（通路层 / 基因层）

00 Remarks

在 P-NET 中，每一个网络层都对应着一个明确的生物学层级：基因层或者某一抽象级别的通路层。层内的每一个节点都对应着一个具体的生物学实体（基因或者通路），节点之间的连接关系则由 HierarchyLevel.Members 所描述的父子包含关系所决定。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.HierarchyLevel

02 Methods

Name	Overloads	Summary
.ctor	2	创建一个空的层级对象
GetMembers	1	获取指定节点在下一层中所包含的子节点索引
ToString	1	生成当前层级的节点名称的字符串描述

03 Properties

Name	Overloads	Summary
Name	1	当前层级的名称，例如 L2_fine_pathways，用于展示与调试
Nodes	1	当前层内的节点（基因或者通路）的名称列表
Members	1	每一个节点在下一层（更精细的层，或者是基因层）中所包含的子节点的索引
Count	1	当前层的节点数量
EdgeCount	1	当前层中所有父子连接边的数量（即掩码矩阵中非零元素的数量）

04 Members

method .ctor #

#ctor

创建一个空的层级对象

method .ctor overload 2 #

#ctor(String, String(), Int32()())

使用给定的名称、节点名以及成员关系创建层级对象

Parameters

Name	Type	Description
`name`	`String`	层级名称
`nodes`	`String()`	节点名称数组
`members`	`Int32()()`	每一个节点所包含的子节点索引

method GetMembers #

GetMembers(Int32)

获取指定节点在下一层中所包含的子节点索引

Parameters

Name	Type	Description
`nodeIndex`	`Int32`	当前层内的节点索引

Returns

子节点索引数组，若不存在则返回空数组

method ToString #

ToString

生成当前层级的节点名称的字符串描述

Returns

形如 L2[16 nodes / 64 edges] 的描述文本

property Name #

Name

当前层级的名称，例如 L2_fine_pathways，用于展示与调试

Returns

层名称字符串

property Nodes #

Nodes

当前层内的节点（基因或者通路）的名称列表

Returns

节点名称数组，数组长度即为当前层的节点数

property Members #

Members

每一个节点在下一层（更精细的层，或者是基因层）中所包含的子节点的索引

Returns

一个锯齿数组，Members(i) 为第 i 个节点所包含的所有子节点在下一层中的索引集合。若下一层为基因层，则子节点索引即基因索引；否则为下一层通路节点的索引。

property Count #

Count

当前层的节点数量

Returns

节点数

property EdgeCount #

EdgeCount

当前层中所有父子连接边的数量（即掩码矩阵中非零元素的数量）

Returns

连接边数量