DemoDataset

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.DemoDataset Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P-NET Members 6

合成的演示数据集

00 Remarks

除了层级本体与样本之外，这里还保留了数据生成时所使用的"驱动基因"与"驱动通路"真值。由于样本标签完全由驱动基因上的改变所决定，因此在 demo 测试中可以拿 DeepLIFT 归因给出的 Top 基因 / Top 通路与这里记录的真值做比对，从而验证"模型确实学到了正确的生物学信号"，而不只是拟合了噪声。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.P_NET.DemoDataset

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Save	1	把整个演示数据集落盘到指定目录

03 Properties

Name	Overloads	Summary
Hierarchy	1	合成的类 Reactome 通路层级
Samples	1	合成的患者样本
DriverGenes	1	生成数据时所指定的驱动基因（标签完全由这些基因上的改变决定）
DriverAlterations	1	驱动基因所对应的改变类型，索引与 DemoDataset.DriverGenes 一致
DriverPathways	1	生成数据时所指定的驱动通路（驱动基因主要聚集在这几条最精细的通路之中）

04 Members

method Save #

Save(String)

把整个演示数据集落盘到指定目录

Remarks

会写出：逐层的 *.gmt 通路层级文件、features.csv、labels.csv 以及记录真值的 ground_truth.txt。

Parameters

Name	Type	Description
`directory`	`String`	输出目录

property Hierarchy #

Hierarchy

合成的类 Reactome 通路层级

Returns

层级本体对象

property Samples #

Samples

合成的患者样本

Returns

样本数据集

property DriverGenes #

DriverGenes

生成数据时所指定的驱动基因（标签完全由这些基因上的改变决定）

Returns

驱动基因名数组

property DriverAlterations #

DriverAlterations

驱动基因所对应的改变类型，索引与 DemoDataset.DriverGenes 一致

Returns

改变类型数组，取值为 mutation / amplification / deletion

property DriverPathways #

DriverPathways

生成数据时所指定的驱动通路（驱动基因主要聚集在这几条最精细的通路之中）

Returns

驱动通路名数组