BioCycRuleMiner

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.BioCycRuleMiner Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.BioCycRuleMiner

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Mine	1	把 BioCyc 的 reactions 集合映射为 ReactionSpec，再交给通用挖掘引擎。
ToSpecs	1	把 BioCyc 反应集合批量映射为 ReactionSpec（失败的条目已被剔除）。
ToSpec	1	单条 BioCyc 反应 → ReactionSpec；方向不可用时返回 Nothing。

03 Members

method Mine #

Mine(IEnumerable(Of reactions), Dictionary(Of String, CompoundStructure), Int32, Int32, Int32, Int32, Int32, Boolean, Boolean, Dictionary(Of String, Int32), Dictionary(Of String, String))

把 BioCyc 的 reactions 集合映射为 ReactionSpec，再交给通用挖掘引擎。

Parameters

Name	Type	Description
`reactionList`	`IEnumerable(Of reactions)`	BioCyc 反应集合（建议按 uniqueId 排序以保证确定性）
`structures`	`Dictionary(Of String, CompoundStructure)`	compound frame id → 已净化结构
`maxMoleculeAtoms`	`Int32`	参与反应的分子重原子数上限（超出的反应跳过，控耗时）
`maxPatternAtoms`	`Int32`	模式原子数上限（超出的规则过特异，跳过）
`mcsNodeBudget`	`Int32`	MCS 回溯搜索的节点预算
`maxUnmappedAtoms`	`Int32`	MCS 允许保留的未映射原子数（≈反应中心规模）
`shellRadius`	`Int32`	反应中心向外扩展的层数
`includeBuiltin`	`Boolean`	是否叠加 RetroPath 内置的 9 条广义规则
`strictSelfCheck`	`Boolean`	严格模式：丢弃"无法重现自身反应"的退化规则
`skipped`	`Dictionary(Of String, Int32)`	跳过原因计数
`trace`	`Dictionary(Of String, String)`	逐条反应的跳过原因（reaction uniqueId → 原因）

Returns

广义反应规则集。

method ToSpecs #

ToSpecs(IEnumerable(Of reactions), Dictionary(Of String, Int32), Dictionary(Of String, String))

把 BioCyc 反应集合批量映射为 ReactionSpec（失败的条目已被剔除）。

Parameters

Name	Type	Description
`reactionList`	`IEnumerable(Of reactions)`	BioCyc 反应集合。
`skipped`	`Dictionary(Of String, Int32)`	跳过原因计数（可为 Nothing）。
`trace`	`Dictionary(Of String, String)`	逐条反应的跳过原因（可为 Nothing）。

Returns

可直接交给通用挖掘引擎的反应契约列表。

method ToSpec #

ToSpec(reactions, Dictionary(Of String, Int32), Dictionary(Of String, String))

单条 BioCyc 反应 → ReactionSpec；方向不可用时返回 Nothing。

Parameters

Name	Type	Description
`rxn`	`reactions`	BioCyc 反应对象。
`skipped`	`Dictionary(Of String, Int32)`	跳过原因计数（可为 Nothing）。
`trace`	`Dictionary(Of String, String)`	逐条反应的跳过原因（可为 Nothing）。

Returns

已归正的 ReactionSpec；失败时返回 Nothing。