MetabolicAdapter

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicAdapter Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 15

把 GCModeller 内部标准代谢网络（化合物 + 反应的集合）装配成 RetroPath 的逆向合成通路搜索器。

00 Remarks

构造期一次性完成： 1) 化合物结构索引（SMILES 净化 + 元素白名单 + 解析）； 2) 反应实例 → 广义反应规则（MCS 原子映射 + 反应中心提取 + SMARTS 泛化）； 3) 底盘内源代谢物汇集合。之后每次 MetabolicAdapter.FindPathway() 只是对已装配的 Netwalk 发起一次搜索。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicAdapter

02 Methods

Name	Overloads	Summary
.ctor	1	从内部标准代谢模型装配搜索器。
GetCompound	1	按 compound id 取结构（无结构时返回 Nothing）
FindPathway	1	以给定 SMILES 为目标做逆向合成通路搜索。查询时会把目标自身从汇集合中剔除：BeamSearch 一旦判定"目标已属于汇"就直接返回 0 条路径，而"目标在底盘中已存在"对通路设计没有意义——我们想知道的是它怎么被合成出来。
SynthesisRoute	1	从起点代谢物 A 出发，搜索合成目标代谢物 B 的最经济通路。
SynthesisRouteById	1	以代谢模型的化合物 id 指定起点与目标（如 "CHORISMATE" → "ENTEROBACTIN"）。
CreateNetwalk	1	用已装配好的规则集与汇集合另建一个搜索器（可指定不同的搜索参数）。
SmilesOf	1	按 compound id 取净化后的 SMILES（无结构时抛异常）
FindPathwayById	1	以内部模型的化合物 id 为目标做搜索（如 "ENTEROBACTIN"）

03 Properties

Name	Overloads	Summary
SinkMode	1	current sink mode
Skipped	1	规则挖掘过程中被跳过的条目及原因计数
RuleTrace	1	逐条反应的跳过原因（reaction id → 原因），用于排查某条反应为何未进规则库
Stats	1	装配统计信息（化合物总数 / 可用结构数 / 规则数 / 汇大小 / 耗时）
Rules	1	挖掘得到的广义反应规则集
Compounds	1	compound id → 结构（净化后的 SMILES + 分子图）

04 Fields

Name	Overloads	Summary
sinkEntries	1	汇条目：(分子指纹, compound id, 净化后的 SMILES)

05 Members

method .ctor #

#ctor(IEnumerable(Of MetabolicCompound), IEnumerable(Of MetabolicReaction), SearchOptions, ScoreWeights, SinkModes, Int32, Int32, Int32, Int32, Int32, Int32, Boolean, Boolean, Boolean, Boolean)

从内部标准代谢模型装配搜索器。

Parameters

Name	Type	Description
`compounds`	`IEnumerable(Of MetabolicCompound)`	内部代谢化合物集合（必须有 SMILES 才能参与挖掘）。
`metabolic`	`IEnumerable(Of MetabolicReaction)`	内部代谢反应集合（left/right 引用上面的化合物 id）。
`opts`	`SearchOptions`	束搜索参数（默认 beam / width 50 / depth 6）。
`w`	`ScoreWeights`	路径评分权重（默认 0.4 热力学 / 0.3 酶可得性 / 0.3 长度）。
`sinkMode`	SinkModes	汇集合模式：Core = 核心中心代谢子集；All = 全库。
`coreDegree`	`Int32`	Core 模式下判定枢纽代谢物的最少反应出现次数；小规模手写网络建议取 2，真实库取 4。
`maxMoleculeAtoms`	`Int32`	参与反应的分子重原子数上限（超出则跳过该反应，控耗时）。
`maxPatternAtoms`	`Int32`	模式原子数上限（超出则规则过特异，跳过）。
`mcsNodeBudget`	`Int32`	MCS 原子映射的回溯节点预算。
`maxUnmappedAtoms`	`Int32`	MCS 允许保留的未映射原子数（≈反应中心规模）。
`shellRadius`	`Int32`	反应中心向外扩展的层数（泛化环境半径）。
`includeBuiltinRules`	`Boolean`	是否叠加 RetroPath 内置的 9 条广义规则。
`strictSelfCheck`	`Boolean`	严格模式：丢弃无法重现自身反应的退化规则。
`verbose`	`Boolean`	是否向 stderr 输出装配诊断。
`keepRuleTrace`	`Boolean`	是否记录逐条反应的跳过原因。

method GetCompound #

GetCompound(String)

按 compound id 取结构（无结构时返回 Nothing）

method FindPathway #

FindPathway(String)

以给定 SMILES 为目标做逆向合成通路搜索。查询时会把目标自身从汇集合中剔除：BeamSearch 一旦判定"目标已属于汇"就直接返回 0 条路径，而"目标在底盘中已存在"对通路设计没有意义——我们想知道的是它怎么被合成出来。

Parameters

Name	Type	Description
`targetSmiles`	`String`	目标分子的 SMILES。

Returns

含参数快照、统计与候选通路的报告。

method SynthesisRoute #

SynthesisRoute(String, String, SourceRoles, Boolean, IEnumerable(Of ValueTuple(Of String, String)), Int32, Boolean)

从起点代谢物 A 出发，搜索合成目标代谢物 B 的最经济通路。

Parameters

Name	Type	Description
`sourceSmiles`	`String`	起点化合物 A 的 SMILES。
`targetSmiles`	`String`	目标化合物 B 的 SMILES。
`role`	`SourceRoles`	A 的角色：Source = 必须是最上游叶子原料；Anywhere = 出现在通路任意位置即可。
`strict`	`Boolean`	严格模式：除 A 与货币分子外不依赖任何底盘代谢物（可用 allowedExtra 放行个别辅因子）。
`allowedExtra`	`IEnumerable(Of ValueTuple(Of String, String))`	strict 模式下额外允许作为起点的化合物（名称, SMILES）。
`maxRoutes`	`Int32`	最多返回多少条候选（0 = 默认 10 条）。
`escalate`	`Boolean`	首轮未命中时是否自动加大束宽/深度重试。

method SynthesisRouteById #

SynthesisRouteById(String, String, SourceRoles, Boolean, IEnumerable(Of String), Int32, Boolean)

以代谢模型的化合物 id 指定起点与目标（如 "CHORISMATE" → "ENTEROBACTIN"）。

Parameters

Name	Type	Description
`allowedExtraIds`	`String`	strict 模式下额外放行的化合物 id（如 ATP / NADH）。

method CreateNetwalk #

CreateNetwalk(SearchOptions, ScoreWeights)

用已装配好的规则集与汇集合另建一个搜索器（可指定不同的搜索参数）。

Parameters

Name	Type	Description
`opts`	`SearchOptions`	搜索参数；省略时用构造期参数。适合做串行/并行对比或按查询调参。
`w`	`ScoreWeights`	评分权重；省略时用构造期权重。

method SmilesOf #

SmilesOf(String)

按 compound id 取净化后的 SMILES（无结构时抛异常）

method FindPathwayById #

FindPathwayById(String)

以内部模型的化合物 id 为目标做搜索（如 "ENTEROBACTIN"）

Parameters

Name	Type	Description
`compoundId`	`String`	化合物 id（即 `MetabolicCompound.id`）。

property SinkMode #

SinkMode

current sink mode

property Skipped #

Skipped

规则挖掘过程中被跳过的条目及原因计数

property RuleTrace #

RuleTrace

逐条反应的跳过原因（reaction id → 原因），用于排查某条反应为何未进规则库

property Stats #

Stats

装配统计信息（化合物总数 / 可用结构数 / 规则数 / 汇大小 / 耗时）

property Rules #

Rules

挖掘得到的广义反应规则集

property Compounds #

Compounds

compound id → 结构（净化后的 SMILES + 分子图）

field sinkEntries #

sinkEntries

汇条目：(分子指纹, compound id, 净化后的 SMILES)