MetabolicRuleMiner

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicRuleMiner Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicRuleMiner

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Mine	1	内部代谢反应集合 → 广义反应规则（一步到位）。
ToSpecs	1	把内部代谢反应集合批量映射为 ReactionSpec（失败的条目已被剔除）。
ToSpec	1	单条内部代谢反应 → ReactionSpec；缺侧或不可用 id 时返回 Nothing。

03 Members

method Mine #

Mine(IEnumerable(Of MetabolicReaction), Dictionary(Of String, CompoundStructure), Int32, Int32, Int32, Int32, Int32, Boolean, Boolean, Dictionary(Of String, Int32), Dictionary(Of String, String))

内部代谢反应集合 → 广义反应规则（一步到位）。

Parameters

Name	Type	Description
`reactionList`	`IEnumerable(Of MetabolicReaction)`	内部代谢反应集合（建议按 id 排序以保证确定性）。
`structures`	`Dictionary(Of String, CompoundStructure)`	compound id → 已净化结构。
`maxMoleculeAtoms`	`Int32`	参与反应的分子重原子数上限。
`maxPatternAtoms`	`Int32`	模式原子数上限。
`mcsNodeBudget`	`Int32`	MCS 回溯搜索的节点预算。
`maxUnmappedAtoms`	`Int32`	MCS 允许保留的未映射原子数。
`shellRadius`	`Int32`	反应中心向外扩展的层数。
`includeBuiltin`	`Boolean`	是否叠加 RetroPath 内置的 9 条广义规则。
`strictSelfCheck`	`Boolean`	严格模式：丢弃无法重现自身反应的退化规则。
`skipped`	`Dictionary(Of String, Int32)`	跳过原因计数。
`trace`	`Dictionary(Of String, String)`	逐条反应的跳过原因。

Returns

广义反应规则集。

method ToSpecs #

ToSpecs(IEnumerable(Of MetabolicReaction), Dictionary(Of String, Int32), Dictionary(Of String, String))

把内部代谢反应集合批量映射为 ReactionSpec（失败的条目已被剔除）。

Parameters

Name	Type	Description
`reactionList`	`IEnumerable(Of MetabolicReaction)`	内部代谢反应集合。
`skipped`	`Dictionary(Of String, Int32)`	跳过原因计数（可为 Nothing）。
`trace`	`Dictionary(Of String, String)`	逐条反应的跳过原因（可为 Nothing）。

Returns

可直接交给通用挖掘引擎的反应契约列表。

method ToSpec #

ToSpec(MetabolicReaction, Dictionary(Of String, Int32), Dictionary(Of String, String))

单条内部代谢反应 → ReactionSpec；缺侧或不可用 id 时返回 Nothing。

Parameters

Name	Type	Description
`rxn`	`MetabolicReaction`	内部代谢反应对象。
`skipped`	`Dictionary(Of String, Int32)`	跳过原因计数（可为 Nothing）。
`trace`	`Dictionary(Of String, String)`	逐条反应的跳过原因（可为 Nothing）。

Returns

已归正的 ReactionSpec；失败时返回 Nothing。