BioCycSink

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.BioCycSink Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 2

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.BioCycSink

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Build	1	构建 BioCyc 库对应的汇集合（委托给通用 SinkBuilder，白名单使用 EcoCyc 的 frame id）。

03 Properties

Name	Overloads	Summary
CoreWhitelist	1	中心代谢白名单：糖酵解/PPP/TCA/氨基酸/核苷酸前体/关键分支点/辅因子。这里的 id 均取自 EcoCyc 29.0 的 compounds.dat（UNIQUE-ID）。

04 Members

method Build #

Build(Dictionary(Of String, CompoundStructure), Dictionary(Of String, Int32), SinkModes, Int32)

构建 BioCyc 库对应的汇集合（委托给通用 SinkBuilder，白名单使用 EcoCyc 的 frame id）。

Parameters

Name	Type	Description
`structures`	`Dictionary(Of String, CompoundStructure)`	compound id → 已净化结构
`degrees`	`Dictionary(Of String, Int32)`	compound id → 在反应中出现的总次数
`mode`	SinkModes	Core / All
`coreDegree`	`Int32`	Core 模式下判定"枢纽代谢物"的最少反应出现次数

Returns

汇集合，每项为 (compound id, SMILES)。

property CoreWhitelist #

CoreWhitelist

中心代谢白名单：糖酵解/PPP/TCA/氨基酸/核苷酸前体/关键分支点/辅因子。这里的 id 均取自 EcoCyc 29.0 的 compounds.dat（UNIQUE-ID）。