KmerTable

Full name SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.KmerTable Assembly SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.KmerTable

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Build	1	由 RollingHash.GetMinHashes()) 结果构造完整 mN 行表。
SelectCenters	1	阶段二:按 k-mer 索引排序后分桶,每个 k-mer 组选最长的序列作为中心。
MergeByCenter	1	合并共享同一中心的 k-mer 组,得到以中心为键、成员列表为值的映射。即:所有把同一条序列选为"中心"的 k-mer 组,其成员被并入该中心的候选集。

03 Members

method Build #

Build(String(), Int32, Int32)

由 RollingHash.GetMinHashes() 结果构造完整 mN 行表。

Parameters

Name	Type	Description
`encodedSeqs`	`String()`	缩减字母表编码后的序列数组(下标即 SeqId)
`k`	`Int32`	k-mer 长度
`m`	`Int32`	每序列保留的 k-mer 数

method SelectCenters #

SelectCenters(KmerEntry())

阶段二:按 k-mer 索引排序后分桶,每个 k-mer 组选最长的序列作为中心。

Returns

每个 k-mer 对应的中心序列 ID

method MergeByCenter #

MergeByCenter(KmerEntry(), Dictionary(Of Int64, Int32))

合并共享同一中心的 k-mer 组,得到以中心为键、成员列表为值的映射。即:所有把同一条序列选为"中心"的 k-mer 组,其成员被并入该中心的候选集。