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Linclust 运行配置
LinclustOptions
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.LinclustOptions
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| m | 1 | 每序列保留的最小哈希 k-mer 个数(默认 20) |
| seqidThreshold | 1 | 一致性(identity)阈值,0-1。>=0.9 时 k_seqid=14,否则 10 |
| coverage | 1 | 覆盖率(coverage)阈值,0-1 |
| evalue | 1 | E-value 阈值(预留,当前判据以一致性+覆盖率为主) |
| fastFilterSeqid | 1 | 阶段三快速过滤的一致性阈值(通常等于 seqidThreshold) |
| fastFilterCoverage | 1 | 阶段三快速过滤的覆盖率阈值(通常等于 coverage) |
| Aeff | 1 | 缩减字母表有效大小 A_eff(用于 k 长度自动选择) |
03 Members
m
每序列保留的最小哈希 k-mer 个数(默认 20)
seqidThreshold
一致性(identity)阈值,0-1。>=0.9 时 k_seqid=14,否则 10
coverage
覆盖率(coverage)阈值,0-1
evalue
E-value 阈值(预留,当前判据以一致性+覆盖率为主)
fastFilterSeqid
阶段三快速过滤的一致性阈值(通常等于 seqidThreshold)
fastFilterCoverage
阶段三快速过滤的覆盖率阈值(通常等于 coverage)
Aeff
缩减字母表有效大小 A_eff(用于 k 长度自动选择)