Linclust

Full name SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.Linclust Assembly SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.Linclust

02 Methods

Name	Overloads	Summary
SelectK	1	自动选择 k-mer 长度。 k_spec >= floor(log(NL) / log(A_eff)),并取 max(k_spec, k_seqid)。 seqid >= 0.9 时 k_seqid = 14,否则 10。
Cluster	1	对一组蛋白序列执行 Linclust 无监督聚类。
AlignmentIdentity	1	基于对齐字符串(含 '-')计算一致性(匹配数 / 对齐列数,不含两端全空列已隐含)

03 Members

method SelectK #

SelectK(Int32, Double, LinclustOptions)

自动选择 k-mer 长度。 k_spec >= floor(log(NL) / log(A_eff)),并取 max(k_spec, k_seqid)。 seqid >= 0.9 时 k_seqid = 14,否则 10。

method Cluster #

Cluster(IEnumerable(Of FastaSeq), LinclustOptions)

对一组蛋白序列执行 Linclust 无监督聚类。

Parameters

Name	Type	Description
`seqs`	`IEnumerable(Of FastaSeq)`	输入蛋白序列(FASTA 对象)
`opts`	LinclustOptions	聚类配置

Returns

簇划分与每簇代表序列

method AlignmentIdentity #

AlignmentIdentity(String, String)

基于对齐字符串(含 '-')计算一致性(匹配数 / 对齐列数,不含两端全空列已隐含)