ReducedAlphabet

Full name SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.ReducedAlphabet Assembly SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure Members 7

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.Linclust.ReducedAlphabet

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Map	1	将单个氨基酸字符映射到缩减字母表。非标准字符返回通配符 ReducedAlphabet.Wildcard。
Encode	1	将整条蛋白序列编码为缩减字母表序列。

03 Properties

Name	Overloads	Summary
Letters	1	标准 13 字母缩减表的字母集合

04 Fields

Name	Overloads	Summary
AlphabetSize	2	缩减字母表大小(基数,用于滚动哈希)
Wildcard	2	非标准 / 未知氨基酸的缩减映射(通配符)

05 Members

method Map #

Map(Char)

将单个氨基酸字符映射到缩减字母表。非标准字符返回通配符 ReducedAlphabet.Wildcard。

method Encode #

Encode(String)

将整条蛋白序列编码为缩减字母表序列。

property Letters #

Letters

标准 13 字母缩减表的字母集合

field AlphabetSize #

AlphabetSize

缩减字母表大小(基数,用于滚动哈希)

field Wildcard #

Wildcard

非标准 / 未知氨基酸的缩减映射(通配符)

field AlphabetSize overload 2 #

AlphabetSize

field Wildcard overload 2 #

Wildcard