CodingModel

Full name SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.CodingModel Assembly SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal Members 5

编码区打分模型使用六聚体（6-mer）频率的编码区/非编码区对数似然比来评估一段序列的编码潜力。这是Prodigal cscore的核心。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.CodingModel

02 Methods

Name	Overloads	Summary
BuildModel	1	从训练基因构建编码区和非编码区的六聚体频率模型
ComputeHexamerScores	1	计算每个六聚体的对数似然比得分 score(h) = log2( P(h\|coding) / P(h\|noncoding) )
ComputeCodingScore	1	计算一个ORF的编码区得分（cscore） cscore = 所有in-frame六聚体的对数似然比之和 / 六聚体数量
InitializeDefaultModel	1	使用默认参数初始化模型（用于第一次迭代）基于GC含量设置初始六聚体得分

03 Fields

Name	Overloads	Summary
Pseudocount	1	伪计数，防止零概率

04 Members

method BuildModel #

BuildModel(TrainingModel, IEnumerable(Of FastaSeq), List(Of CandidateORF))

从训练基因构建编码区和非编码区的六聚体频率模型

method ComputeHexamerScores #

ComputeHexamerScores(TrainingModel)

计算每个六聚体的对数似然比得分 score(h) = log2( P(h|coding) / P(h|noncoding) )

method ComputeCodingScore #

计算一个ORF的编码区得分（cscore） cscore = 所有in-frame六聚体的对数似然比之和 / 六聚体数量

method InitializeDefaultModel #

InitializeDefaultModel(TrainingModel, Double)

使用默认参数初始化模型（用于第一次迭代）基于GC含量设置初始六聚体得分

field Pseudocount #

Pseudocount

伪计数，防止零概率