RbsModel

Full name SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.RbsModel Assembly SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal Members 8

RBS检测模型在起始密码子上游搜索Shine-Dalgarno序列（如AGGAGG、GGAGG等），并基于位置权重矩阵（PWM）和间距评分来计算RBS得分（rscore）

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.RbsModel

02 Methods

Name	Overloads	Summary
BuildModel	1	从训练基因构建RBS模型统计起始密码子上游的SD模体频率，更新模体得分
BuildRbsPwm	1	构建RBS位置权重矩阵
ComputeRbsScore	1	计算一个ORF的RBS得分（rscore）在起始密码子上游搜索SD模体，返回最佳匹配的得分
ComputeSpacingScore	1	计算间距得分最优间距约5-9bp，偏离越多得分越低
BaseToIndex	1	碱基转索引：A=0, C=1, G=2, T=3

03 Fields

04 Members

method BuildModel #

BuildModel(TrainingModel, IEnumerable(Of FastaSeq), List(Of CandidateORF))

从训练基因构建RBS模型统计起始密码子上游的SD模体频率，更新模体得分

method BuildRbsPwm #

BuildRbsPwm(TrainingModel, List(Of CandidateORF), Dictionary(Of String, String))

构建RBS位置权重矩阵

method ComputeRbsScore #

ComputeRbsScore(CandidateORF, String, TrainingModel)

计算一个ORF的RBS得分（rscore）在起始密码子上游搜索SD模体，返回最佳匹配的得分

method ComputeSpacingScore #

ComputeSpacingScore(Int32)

计算间距得分最优间距约5-9bp，偏离越多得分越低

method BaseToIndex #

BaseToIndex(Char)

碱基转索引：A=0, C=1, G=2, T=3

field UpstreamWindow #

UpstreamWindow

RBS搜索窗口：起始密码子上游的最大距离

field MinSpacing #

MinSpacing

RBS搜索窗口：起始密码子上游的最小距离

field SdMotifs #

SdMotifs

预定义的SD模体及其权重