OrfFinder

Full name SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.OrfFinder Assembly SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal Members 5

在六框翻译中查找所有候选ORF 核心思路：对每个阅读框，先找所有终止密码子位置，再在每个终止-终止区间内查找所有可能的起始密码子，生成多个候选ORF（同一终止密码子，不同起始密码子）

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.OrfFinder

02 Methods

Name	Overloads	Summary
FindOrfs	1	在一条序列上查找所有候选ORF
FindOrfsOnStrand	1	在单条链上查找ORF 算法：对每个阅读框，先定位所有终止密码子，再在每个终止-终止区间内查找所有起始密码子，为每个起始-终止对生成一个候选ORF
ConvertReverseStrandCoords	1	将反向链ORF的坐标从反向互补链坐标转换为原始序列坐标

03 Fields

Name	Overloads	Summary
_minOrfLength	1	最小ORF长度（核苷酸数），默认90nt=30aa
_startCodons	1	允许的起始密码子列表

04 Members

method FindOrfs #

FindOrfs(FastaSeq)

在一条序列上查找所有候选ORF

method FindOrfsOnStrand #

FindOrfsOnStrand(String, String, Char, List(Of CandidateORF))

在单条链上查找ORF 算法：对每个阅读框，先定位所有终止密码子，再在每个终止-终止区间内查找所有起始密码子，为每个起始-终止对生成一个候选ORF

method ConvertReverseStrandCoords #

ConvertReverseStrandCoords(CandidateORF, Int32)

将反向链ORF的坐标从反向互补链坐标转换为原始序列坐标

field _minOrfLength #

_minOrfLength

最小ORF长度（核苷酸数），默认90nt=30aa

field _startCodons #

_startCodons

允许的起始密码子列表