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DNA序列操作工具类
SequenceUtils
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.SequenceUtils
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ReverseComplement | 1 | 计算反向互补链 |
| Translate | 1 | 翻译核苷酸序列为氨基酸序列 |
| IsStartCodon | 1 | 判断是否为起始密码子 |
| IsStopCodon | 1 | 判断是否为终止密码子 |
| ComputeGcContent | 1 | 计算GC含量 |
| HexamerToIndex | 1 | 将六聚体转换为0-4095的索引值 A=0, C=1, G=2, T=3 |
| IndexToHexamer | 1 | 将索引值转换回六聚体字符串 |
| GetCodon | 1 | 获取序列中指定位置的密码子 |
| GetUpstreamSequence | 1 | 获取指定位置上游的序列（用于RBS检测） |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ComplementMap | 1 | 互补碱基映射表 |
| CodonTable | 1 | 标准遗传密码表 |
| StartCodons | 2 | 起始密码子集合 |
| StopCodons | 2 | 终止密码子集合 |
04 Members
ReverseComplement(
String)计算反向互补链
Translate(
String)翻译核苷酸序列为氨基酸序列
IsStartCodon(
String)判断是否为起始密码子
IsStopCodon(
String)判断是否为终止密码子
ComputeGcContent(
String)计算GC含量
HexamerToIndex(
String)将六聚体转换为0-4095的索引值 A=0, C=1, G=2, T=3
IndexToHexamer(
Int32)将索引值转换回六聚体字符串
GetCodon(
String, Int32)获取序列中指定位置的密码子
GetUpstreamSequence(
String, Int32, Int32)获取指定位置上游的序列（用于RBS检测）
ComplementMap
互补碱基映射表
CodonTable
标准遗传密码表
StartCodons
起始密码子集合
StopCodons
终止密码子集合
StartCodons
StopCodons