BandSW

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.BandSW Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment Members 5

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.BandSW

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Align	1	对一条候选(无空位延伸结果)执行带状 SW,返回全局坐标 HSP。若窗口 SW 得分低于 BandSW.MinScore 则返回 Nothing。

03 Fields

Name	Overloads	Summary
BandMargin	2	在候选窗口四周扩展的边距(氨基酸数),用于捕获带外的有空位延伸。该值即"带状"的半带宽:实际计算窗口 = 无空位命中 + 2 * BandMargin。
MinScore	2	产出 HSP 的最低得分阈值。

04 Members

method Align #

Align(String, String, UngappedHit)

对一条候选(无空位延伸结果)执行带状 SW,返回全局坐标 HSP。若窗口 SW 得分低于 BandSW.MinScore 则返回 Nothing。

field BandMargin #

BandMargin

在候选窗口四周扩展的边距(氨基酸数),用于捕获带外的有空位延伸。该值即"带状"的半带宽:实际计算窗口 = 无空位命中 + 2 * BandMargin。

field MinScore #

MinScore

产出 HSP 的最低得分阈值。

field BandMargin overload 2 #

BandMargin

field MinScore overload 2 #

MinScore