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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment / HitScheduler

HitScheduler

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.HitScheduler Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment Members 6

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.HitScheduler

02 Methods

NameOverloadsSummary
Schedule 1 将候选按无空位延伸得分降序排序并分块,逐块产出候选列表。 调用方对每块执行带状 SW,并通过 HitScheduler.ShouldStop()) 决定是否早停。
ShouldStop 1 早停判定:若当前块产出的达标带状 SW 比对数为 0,则可停止后续块。 (DIAMOND 中一旦当前块不再产生满足报告标准的比对即停止。)

03 Fields

NameOverloadsSummary
BlockSize 2 每个处理块的大小(候选数)。
MinUngappedScore 2 命中得分需达到该值才会被纳入调度(低于此值的无空位延伸结果直接丢弃)。

04 Members

method Schedule #
Schedule(IEnumerable(Of ScheduledHit))

将候选按无空位延伸得分降序排序并分块,逐块产出候选列表。 调用方对每块执行带状 SW,并通过 HitScheduler.ShouldStop() 决定是否早停。

method ShouldStop #
ShouldStop(Int32)

早停判定:若当前块产出的达标带状 SW 比对数为 0,则可停止后续块。 (DIAMOND 中一旦当前块不再产生满足报告标准的比对即停止。)

field BlockSize #
BlockSize

每个处理块的大小(候选数)。

field MinUngappedScore #
MinUngappedScore

命中得分需达到该值才会被纳入调度(低于此值的无空位延伸结果直接丢弃)。

field BlockSize overload 2 #
BlockSize
field MinUngappedScore overload 2 #
MinUngappedScore