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在种子命中周围窗口计算 Hamming 距离并判定是否通过的过滤器。
IHammingFilter
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.IHammingFilter
02 Methods
03 Members
Pass(
String, Int32, String, Int32)判断查询序列在 qPos 与参考序列在 sPos 的种子命中是否通过 Hamming 距离初筛。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
query | String | 完整查询序列(原始氨基酸字符)。 |
qPos | Int32 | 种子在查询中的起始位置。 |
subject | String | 完整参考序列(原始氨基酸字符)。 |
sPos | Int32 | 种子在参考中的起始位置。 |
Returns
通过初筛返回 True。
Distance(
String, Int32, String, Int32)计算并返回该命中窗口的实际 Hamming 距离(供排序/诊断使用)。