SeedEncoder

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.SeedEncoder Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment Members 3

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.SeedEncoder

02 Methods

Name	Overloads	Summary
EnumerateSeeds	2	对单条序列(已转为 Char 数组或直接为 String)按给定形状枚举所有种子编码。
EncodeAt	1	计算序列在 [start, start+len) 窗口内、按形状掩码抽取的种子编码。

03 Members

method EnumerateSeeds #

EnumerateSeeds(String, SpacedSeed)

对单条序列(已转为 Char 数组或直接为 String)按给定形状枚举所有种子编码。

Parameters

Name	Type	Description
`sequence`	`String`	原始蛋白序列(大小写不敏感)。
`seed`	SpacedSeed	间隔种子形状。

Returns

每个可放置形状的位置对应的 (起始位置, 编码)。

method EnumerateSeeds overload 2 #

EnumerateSeeds(String, SpacedSeed())

批量构建一条序列在给定一组形状下的全部种子编码。

method EncodeAt #

EncodeAt(Int32(), Int32, Int64, Int32, Int32)

计算序列在 [start, start+len) 窗口内、按形状掩码抽取的种子编码。