nuget
AVX2 向量化无空位延伸(批量 1 查询 × ≤32 参考 并行)。
UngappedExtensionAvx2
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.UngappedExtensionAvx2
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ExtendBatch | 1 | 批量无空位延伸:对固定查询位置 qPos,并行处理 subjects 中对应 subjectPositions 的若干参考序列。 返回与输入顺序一一对应的 UngappedHit 数组。 当 Avx.IsSupported 为 false 时退化为逐条标量延伸。 |
| ExtendBatchAvx2 | 1 | AVX2 核心:32 路并行累加无空位得分,并维护每路最优窗口。 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| BatchWindow | 2 | 每次批量延伸的固定窗口步数(氨基酸数)。 |
| MaxBatch | 2 | AVX2 单批次可并行处理的参考序列条数(32 个 int32 lane)。 |
04 Members
ExtendBatch(
String, Int32, String(), Int32(), Int32())批量无空位延伸:对固定查询位置 qPos,并行处理 subjects 中对应 subjectPositions 的若干参考序列。 返回与输入顺序一一对应的 UngappedHit 数组。 当 Avx.IsSupported 为 false 时退化为逐条标量延伸。
ExtendBatchAvx2(
String, Int32, String(), Int32(), Int32())AVX2 核心:32 路并行累加无空位得分,并维护每路最优窗口。
BatchWindow
每次批量延伸的固定窗口步数(氨基酸数)。
MaxBatch
AVX2 单批次可并行处理的参考序列条数(32 个 int32 lane)。
BatchWindow
MaxBatch