SpacedSeeds

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.SpacedSeeds Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment Members 4

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.DIAMOND.SpacedSeeds

02 Methods

Name	Overloads	Summary
GetSeeds	1	获取指定灵敏度模式的间隔种子形状集。
GenerateSeeds	1	确定性生成 count 个权重为 weight 的间隔种子。生成策略:在长度 L = weight + k (k 为间隔位数) 的窗口内,枚举恰好 k 个间隔位 (其余 weight 个为匹配位) 的所有组合。k 从 1 起递增,直到累积出足够数量的不同形状,从而保证返回数量严格等于 count 且每个形状权重正确。
PopCount	1	计算一个 Long 值的 popcount(置位个数)。

03 Fields

Name	Overloads	Summary
config	1	各灵敏度模式对应的 (形状数量, 权重)。

04 Members

method GetSeeds #

GetSeeds(SensitivityMode)

获取指定灵敏度模式的间隔种子形状集。

method GenerateSeeds #

GenerateSeeds(Int32, Int32)

确定性生成 count 个权重为 weight 的间隔种子。生成策略:在长度 L = weight + k (k 为间隔位数) 的窗口内,枚举恰好 k 个间隔位 (其余 weight 个为匹配位) 的所有组合。k 从 1 起递增,直到累积出足够数量的不同形状,从而保证返回数量严格等于 count 且每个形状权重正确。

method PopCount #

PopCount(Int64)

计算一个 Long 值的 popcount(置位个数)。

field config #

config

各灵敏度模式对应的 (形状数量, 权重)。