基于表达数据的共表达分析。

共表达的基因很可能参与同一通路，因此可以把共表达伙伴的"直接证据反应" 作为当前基因的一条弱证据。

修复要点：

  • 原实现在 Genome.MetabolicNetwork 尚未物化时被调用， 导致共表达分析恒为空、完全失效；现在由 MetabolicAssociator 在阶段 1 物化种子反应之后调用；
  • 原实现未排除自身（相关矩阵对角线恒为 1.0）；
  • 原实现硬编码 0.7 / 0.4 两个魔法数字，现在全部来自 GPRParameters；
  • 原实现要求外部传入一个与算法内部不同的 Genome 实例，状态无法共享。