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基因组上下文 + 基因-反应关联结果的统一容器。
Genome.MetabolicNetwork、反应到基因的反向索引以及直接证据种子集合， 全部由 Genome.RebuildNetwork() / Genome.SetSeedReactions() 这两个统一入口维护， 避免出现"算法内部使用一份数据、对外输出另一份数据"的不一致问题。
Genome
01 Syntax
SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink.Genome
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 1 | |
| SetSeedReactions | 1 | 登记每个基因的"直接证据"反应集合，供后续阶段（共表达推断等）查询使用。 必须在阶段 1 结束之后立即调用，否则共表达等跨基因证据会因为网络为空而完全失效。 |
| GetSeedReactions | 1 | 获取某个基因的直接证据反应集合 |
| RebuildNetwork | 1 | 统一物化入口：同时重建正向关联表与"反应 -> 基因"的反向索引 |
| GetGeneAssociation | 1 | 获取某个基因的关联结果 |
| GetGeneReactions | 1 | 获取某个基因关联的反应打分结果 |
| GetGenesForReaction | 1 | 获取支持某个反应的全部基因（基于反向索引，O(1) 命中） |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MetabolicNetwork | 1 | 基因编号 -> 关联结果 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| reaction2genes | 1 | 反应编号 -> 支持该反应的基因编号（O(1) 反向索引） |
| gene2seed | 1 | 基因编号 -> 该基因的直接证据反应编号 |
05 Members
#ctor(
IEnumerable(Of GeneTable), String)Remarks
impute genome context data has been sorted by left in asc order
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
genome | IEnumerable(Of GeneTable) | - |
name | String | - |
SetSeedReactions(
Dictionary(Of String, String()))登记每个基因的"直接证据"反应集合，供后续阶段（共表达推断等）查询使用。
必须在阶段 1 结束之后立即调用，否则共表达等跨基因证据会因为网络为空而完全失效。
GetSeedReactions(
String)获取某个基因的直接证据反应集合
RebuildNetwork(
IEnumerable(Of GeneAssociation))统一物化入口：同时重建正向关联表与"反应 -> 基因"的反向索引
GetGeneAssociation(
String)获取某个基因的关联结果
GetGeneReactions(
String)获取某个基因关联的反应打分结果
GetGenesForReaction(
String)获取支持某个反应的全部基因（基于反向索引，O(1) 命中）
MetabolicNetwork
基因编号 -> 关联结果
reaction2genes
反应编号 -> 支持该反应的基因编号（O(1) 反向索引）
gene2seed
基因编号 -> 该基因的直接证据反应编号