EvidenceKind

Full name SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink.EvidenceKind Assembly SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink Members 18

基因-反应关联打分中所使用的证据类型。

每一种证据都代表一条独立的推断依据，最终分数由 EvidenceAggregator 聚合得到，因此任何一个分数都可以被完整地追溯到"它是由哪些证据推导出来的"。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink.EvidenceKind

02 Fields

Name	Overloads	Summary
DirectEC	2	基因自身携带的 EC 编号与参考反应网络中的反应 EC 编号直接匹配
OperonContext	2	位于同一个潜在操纵子内部的邻居基因所携带的反应
WindowContext	2	位于物理位置滑动窗口内的邻居基因所携带的反应
EnzymeComplex	2	潜在多亚基酶复合体的其它成员所携带的反应
FusionGene	2	多结构域融合酶（一个基因对应多个 EC 编号），其多个 EC 在通路中形成连续步骤
Coexpression	2	表达数据中与当前基因共表达的基因所携带的反应
ConservedSynteny	2	跨物种保守基因邻接（共线性）中所记录的功能
PathwayCompleteness	2	当前基因所支持的反应在其所属通路中的覆盖完整程度
ReactionContinuity	2	当前基因所支持的反应之间存在"产物即下游底物"的化学连续关系

03 Members

field DirectEC #

DirectEC

基因自身携带的 EC 编号与参考反应网络中的反应 EC 编号直接匹配

field OperonContext #

OperonContext

位于同一个潜在操纵子内部的邻居基因所携带的反应

field WindowContext #

WindowContext

位于物理位置滑动窗口内的邻居基因所携带的反应

field EnzymeComplex #

EnzymeComplex

潜在多亚基酶复合体的其它成员所携带的反应

field FusionGene #

FusionGene

多结构域融合酶（一个基因对应多个 EC 编号），其多个 EC 在通路中形成连续步骤

field Coexpression #

Coexpression

表达数据中与当前基因共表达的基因所携带的反应

field ConservedSynteny #

ConservedSynteny

跨物种保守基因邻接（共线性）中所记录的功能

field PathwayCompleteness #

PathwayCompleteness

当前基因所支持的反应在其所属通路中的覆盖完整程度

field ReactionContinuity #

ReactionContinuity

当前基因所支持的反应之间存在"产物即下游底物"的化学连续关系

field DirectEC overload 2 #

DirectEC

field OperonContext overload 2 #

OperonContext

field WindowContext overload 2 #

WindowContext

field EnzymeComplex overload 2 #

EnzymeComplex

field FusionGene overload 2 #

FusionGene

field Coexpression overload 2 #

Coexpression

field ConservedSynteny overload 2 #

ConservedSynteny

field PathwayCompleteness overload 2 #

PathwayCompleteness

field ReactionContinuity overload 2 #

ReactionContinuity