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SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink 1.0.9762.7562.
01 Namespaces
SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| AssociationEvidence | 单条关联证据。 分数的最终取值为 noisy-OR 聚合（见 EvidenceAggregator）， 其中每一条证据的贡献为 AssociationEvidence.Weight * AssociationEvidence.RawScore。 | 6 |
| CoexpressionAnalyzer | 基于表达数据的共表达分析。 共表达的基因很可能参与同一通路，因此可以把共表达伙伴的"直接证据反应" 作为当前基因的一条弱证据。 修复要点： + 原实现在 Genome.MetabolicNetwork 尚未物化时被调用， 导致共表达分析恒为空、完全失效；现在由 MetabolicAssociator 在阶段 1 物化种子反应之… | 3 |
| CoexpressionPartner | 共表达的基因伙伴及其相关系数 | 3 |
| ConservedCluster | 一个跨物种保守的基因邻接簇。 注意：ConservedCluster.geneIDs 才是簇内基因的集合，ConservedCluster.functions 是该簇在其它 物种中所被赋予的功能（EC 编号 / 反应编号 / 通路编号）。 | 7 |
| ConservedSyntenyAnalyzer | 基于多个基因组的保守基因邻接进行功能推断。 如果多个物种中某些基因总是相邻出现，那么它们的功能很可能相关。 | 6 |
| ContextIndices | 参考代谢网络的倒排索引。 该对象在构造时一次性完成全部索引构建，之后下游算法不再需要线性扫描： + ContextIndices.ECtoReactions：EC 编号 -> 反应 + ContextIndices.ReactionIndex：反应编号 -> 反应（覆盖全部反应，包含没有 EC 编号的反应） + ContextIndices.… | 17 |
| EnzymeComplexDetector | 潜在多亚基酶复合体检测。 判定条件（三条必须同时满足）： 1. | 1 |
| EvidenceAggregator | 证据聚合器：把多条相互独立的证据合并成一个 [0, 1] 区间内的置信分数。 采用 noisy-OR 模型： score = 1 - Π(1 - contribution_i) 该公式满足以下性质，这正是关联打分所需的基本要求： + 单调性：增加任意一条证据（contribution > 0）只会让分数升高或不变； + 有… | 4 |
| EvidenceKind | 基因-反应关联打分中所使用的证据类型。 每一种证据都代表一条独立的推断依据，最终分数由 EvidenceAggregator 聚合得到， 因此任何一个分数都可以被完整地追溯到"它是由哪些证据推导出来的"。 | 18 |
| FusionGeneAnalyzer | 多结构域融合酶检测。 如果一个蛋白同时携带多个 EC 编号，并且这些 EC 所对应的反应在同一条通路中构成 连续（间隔不超过 GPRParameters.MaxGapInPathway 步）的酶促步骤， 则认为这是一个融合酶，并对其在通路中真正参与的反应给出证据。 | 2 |
| GeneAssociation | 一个基因的全部基因-反应关联结果 | 6 |
| Genome | 基因组上下文 + 基因-反应关联结果的统一容器。 Genome.MetabolicNetwork、反应到基因的反向索引以及直接证据种子集合， 全部由 Genome.RebuildNetwork()) / Genome.SetSeedReactions()) 这两个统一入口维护， 避免出现"算法内部使用一份数据、对外输出另一份数据"的不一致问题。 | 10 |
| GPRParameters | GPR 关联算法的参数集合。 约定：所有参与打分的数值都必须来自这里，算法实现中不允许出现硬编码的魔法数字。 每一项证据的贡献都是 Weight * RawScore，其中 Weight 由本类提供， RawScore 由具体的证据分析器根据实际情况（距离、相关系数、完整度等）计算。 | 28 |
| MetabolicAssociator | 基因 - 代谢反应关联（GPR link）推断算法。 算法被组织为一条显式的阶段化流水线，每一个阶段只负责一类证据： 1. | 12 |
| Pathway | 参考通路：在 MetabolicPathway 的基础上额外维护一张反应网络图。 | 2 |
| ReactionContinuityChecker | 反应连续性检查。 对于基因当前"已经支持"的反应集合，统计其中存在的"产物即下游底物"关系， 并据此对相关反应给出增益证据。 注意：本类只对基因已经支持的反应给出增益，不会凭空创造新的关联， 因此它属于网络级的一致性证据，而不是猜测性证据。 | 4 |
| ReactionEvidence | 一条"反应 ID + 证据"的组合，是所有证据分析器的统一输出单元 | 2 |
| ReactionLink | 一条"反应 -> 直接下游反应"的邻接关系 | 3 |
| ScoredReaction | 一条"基因 -> 反应"关联的打分结果。 除了最终分数之外，还保留了推导出该分数的全部 ScoredReaction.Evidences， 因此结果表可以直接展示"评分依据"，任何异常分数都可以被追溯。 | 7 |