nuget
基于多个基因组的保守基因邻接进行功能推断。
如果多个物种中某些基因总是相邻出现，那么它们的功能很可能相关。
ConservedSyntenyAnalyzer
01 Syntax
SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink.ConservedSyntenyAnalyzer
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FindClusterKey | 1 | 在目标基因周围构建滑动窗口，并在已知保守簇中查找匹配项。 返回匹配到的保守簇编号，未匹配时返回 Nothing。 |
| CollectEvidence | 1 | 收集某个基因的保守共线性证据 |
| ResolveFunction | 1 | 把一个保守簇中记录的功能标识解析为具体的反应集合 |
| GetClusterGeneIds | 1 | 以目标基因为中心构建滑动窗口内的基因编号集合 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ClusterCount | 1 | 已知保守簇的数量 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| conservedClusters | 1 | 保守簇编号 -> 保守簇 |
05 Members
在目标基因周围构建滑动窗口，并在已知保守簇中查找匹配项。
返回匹配到的保守簇编号，未匹配时返回 Nothing。
收集某个基因的保守共线性证据
ResolveFunction(
String, ContextIndices)把一个保守簇中记录的功能标识解析为具体的反应集合
GetClusterGeneIds(
GeneTable(), Int32, Int32)以目标基因为中心构建滑动窗口内的基因编号集合
ClusterCount
已知保守簇的数量
conservedClusters
保守簇编号 -> 保守簇