参考代谢网络的倒排索引。
该对象在构造时一次性完成全部索引构建,之后下游算法不再需要线性扫描:
- ContextIndices.ECtoReactions:EC 编号 -> 反应
- ContextIndices.ReactionIndex:反应编号 -> 反应(覆盖全部反应,包含没有 EC 编号的反应)
- ContextIndices.ReactionToPathways / ContextIndices.PathwayReactions:反应与通路的双向映射
- ContextIndices.SubstrateToReactions / ContextIndices.ProductToReactions:化合物 -> 反应
- ContextIndices.ReactionNeighbours:反应 -> 化学上直接相邻的下游反应