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GPR 关联算法的参数集合。
约定：所有参与打分的数值都必须来自这里，算法实现中不允许出现硬编码的魔法数字。 每一项证据的贡献都是 Weight * RawScore，其中 Weight 由本类提供， RawScore 由具体的证据分析器根据实际情况（距离、相关系数、完整度等）计算。
GPRParameters
01 Syntax
SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink.GPRParameters
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| DirectMatchScore | 1 | 基因 EC 编号与反应 EC 编号直接匹配时的证据权重。 默认取 0.9 而不是 1.0：EC 注释本身存在错误标注的可能，因此保留 0.1 的不确定性， 允许操纵子、共表达等其它独立证据把这个分数进一步提升到 1.0。 |
| MaxOperonDistance | 1 | 操纵子内允许的最大基因间距 |
| MaxWindowSpan | 1 | 滑动窗口跨度（向上下游各看几个基因） |
| MaxPhysicalDistance | 1 | 最大物理距离阈值，超过此距离的基因不再视为处于同一基因簇 |
| SameStrandWeight | 1 | 同链权重 |
| DiffStrandWeight | 1 | 异链权重 |
| SameOperonBonus | 1 | 同操纵子奖励系数，操纵子上下文的权重为 BaseContextScore * (1 + SameOperonBonus) |
| BaseContextScore | 1 | 基于基因物理邻接上下文推断的证据基础权重 |
| ComplexMaxDistance | 1 | 复合体成员之间允许的最大物理距离 |
| MinComplexGenes | 1 | 构成复合体所需的最少基因数 |
| BaseComplexScore | 1 | 酶复合体证据权重 |
| FusionBaseScore | 1 | 融合基因证据的基础权重 |
| FusionContinuityGain | 1 | 融合基因证据随通路连续性的增长量 |
| FusionMinECNumbers | 1 | 触发融合基因分析所需的最少 EC 数目 |
| PathwayCompletenessThreshold | 1 | 通路完整度阈值，只有覆盖率不低于该阈值时才产生完整度证据 |
| PathwayCompletenessWeight | 1 | 通路完整度证据权重 |
| MaxGapInPathway | 1 | 通路中允许的最大反应间隔（用于融合基因的通路连续性判定） |
| ReactionContinuityWeight | 1 | 反应连续性证据权重 |
| CoexpressionThreshold | 1 | 判定共表达所需的相关系数阈值 |
| BaseCoexpressionScore | 1 | 共表达证据权重 |
| MaxCoexpressionPartners | 1 | 参与共表达推断的最大共表达基因数量，防止单个基因被过度"传染" |
| BaseSyntenyScore | 1 | 保守共线性证据权重 |
| SyntenyClusterSize | 1 | 计算保守簇相似度时向两侧扩展的基因数目 |
| SyntenySimilarityThreshold | 1 | 保守簇匹配所需的相似度阈值 |
| ConfidenceThreshold | 1 | 关联结果的最低置信度阈值，低于该分数的关联不会出现在结果中 |
| ScoreCap | 1 | 分数上限 |
| CorroborationGain | 1 | 同类证据的旁证增益。 同一种证据（例如"物理邻接上下文"）可能由多个邻居基因同时给出， 这些证据高度相关、彼此冗余。因此每多一条同类证据只给予一个有界的相对提升， 避免"邻居越多、分数越接近 1"的灌分退化。 |
| UnmappedScore | 1 | 未映射 EC 的占位分数（只用于标记，不进入关联表） |
03 Members
DirectMatchScore
基因 EC 编号与反应 EC 编号直接匹配时的证据权重。
默认取 0.9 而不是 1.0：EC 注释本身存在错误标注的可能，因此保留 0.1 的不确定性， 允许操纵子、共表达等其它独立证据把这个分数进一步提升到 1.0。
MaxOperonDistance
操纵子内允许的最大基因间距
MaxWindowSpan
滑动窗口跨度（向上下游各看几个基因）
MaxPhysicalDistance
最大物理距离阈值，超过此距离的基因不再视为处于同一基因簇
SameStrandWeight
同链权重
DiffStrandWeight
异链权重
SameOperonBonus
同操纵子奖励系数，操纵子上下文的权重为 BaseContextScore * (1 + SameOperonBonus)
BaseContextScore
基于基因物理邻接上下文推断的证据基础权重
ComplexMaxDistance
复合体成员之间允许的最大物理距离
MinComplexGenes
构成复合体所需的最少基因数
BaseComplexScore
酶复合体证据权重
FusionBaseScore
融合基因证据的基础权重
FusionContinuityGain
融合基因证据随通路连续性的增长量
FusionMinECNumbers
触发融合基因分析所需的最少 EC 数目
PathwayCompletenessThreshold
通路完整度阈值，只有覆盖率不低于该阈值时才产生完整度证据
PathwayCompletenessWeight
通路完整度证据权重
MaxGapInPathway
通路中允许的最大反应间隔（用于融合基因的通路连续性判定）
ReactionContinuityWeight
反应连续性证据权重
CoexpressionThreshold
判定共表达所需的相关系数阈值
BaseCoexpressionScore
共表达证据权重
MaxCoexpressionPartners
参与共表达推断的最大共表达基因数量，防止单个基因被过度"传染"
BaseSyntenyScore
保守共线性证据权重
SyntenyClusterSize
计算保守簇相似度时向两侧扩展的基因数目
SyntenySimilarityThreshold
保守簇匹配所需的相似度阈值
ConfidenceThreshold
关联结果的最低置信度阈值，低于该分数的关联不会出现在结果中
ScoreCap
分数上限
CorroborationGain
同类证据的旁证增益。
同一种证据（例如"物理邻接上下文"）可能由多个邻居基因同时给出， 这些证据高度相关、彼此冗余。因此每多一条同类证据只给予一个有界的相对提升， 避免"邻居越多、分数越接近 1"的灌分退化。
UnmappedScore
未映射 EC 的占位分数（只用于标记，不进入关联表）