基因 - 代谢反应关联（GPR link）推断算法。

算法被组织为一条显式的阶段化流水线，每一个阶段只负责一类证据：

  1. 阶段 1：基因级直接证据 —— 基因自身 EC 编号匹配到的反应、多结构域融合酶；
  2. 阶段 2：结构证据 —— 潜在操纵子、物理位置滑动窗口、潜在酶复合体；
  3. 阶段 3：跨组学证据 —— 共表达、跨物种保守共线性；
  4. 阶段 4：网络一致性证据 —— 通路完整度补缺、反应之间化学连续性增益；
  5. 阶段 5：聚合与过滤 —— 按 noisy-OR 聚合全部证据并应用置信度阈值；
  6. 阶段 6：物化 —— 把结果同时写入 与反向索引。

关键设计约束（这是与旧实现最本质的差别）：

  • 作用域收敛：上下文类的证据只作用于"证据直接指向的那个反应"， 绝不会扩散到该反应所在通路的全部反应；
  • 单一数据源：算法内部累积的结果与对外输出的结果来自同一份数据；
  • 可解释：任何分数都能追溯回具体的证据来源。